一文帶你了解什么是轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)

　　轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（Transcriptionfactorbindingsite，TFBS）是與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的DNA片段，長(zhǎng)度通常在5~20bp范圍內(nèi)，一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子往往同時(shí)調(diào)控若干個(gè)基因，而它在不同基因上的結(jié)合位點(diǎn)具有一定的保守性，又不*相同

　　對(duì)經(jīng)過生物實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的已知位點(diǎn)進(jìn)行分析可知,轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)往往以保守短序列片段(亦稱作motif)的形式出現(xiàn).對(duì)于原核基因組,模體的長(zhǎng)度一般為10～30bp,而對(duì)于真核基因組,其長(zhǎng)度更短,通常為5～15bp.與其它常見的序列模體信號(hào)相比,轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)模體除了n長(zhǎng)度較短以外,其堿基組成也更加靈活,容許較多的錯(cuò)配.

　　數(shù)百種轉(zhuǎn)錄因子在不同個(gè)體細(xì)胞類型中按照不同組合類型表達(dá)，伴隨胚胎發(fā)育進(jìn)行，還在不斷變化，這讓生物學(xué)家很難準(zhǔn)確地理解轉(zhuǎn)錄因子如何控制胚胎發(fā)育。而且許多研究結(jié)果甚至自相矛盾。例如，生化實(shí)驗(yàn)表明一個(gè)家族中與相同DNA序列相結(jié)合的TFs，在遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)中卻被證明它們?cè)诎l(fā)育胚胎細(xì)胞中的活性非常不同。

　　“因此，我們才應(yīng)該確定某個(gè)特定TF的結(jié)合位點(diǎn)和它將要激活的靶基因，”Small解釋道。

　　以博后學(xué)者RheaDatta為首的科學(xué)家們研究了果蠅的兩個(gè)相似的TFs（Bicoid[Bcd]和Orthodenticle[Otd]），過去的研究顯示，它們與一段相同的DNA序列（TAATCC）結(jié)合。

　　研究人員直接繪制了Bcd和Otd在胚胎中的整個(gè)遺傳區(qū)域結(jié)合圖譜，結(jié)果顯示一些區(qū)域可以結(jié)合兩種蛋白，另一些區(qū)域只能結(jié)合二者之一。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，實(shí)際上兩種蛋白的結(jié)合偏好與它們的共用TAATCC序列相比僅有一個(gè)堿基之差，此外，Bcd的結(jié)合僅發(fā)生在包含另外兩種TFs結(jié)合位點(diǎn)的基因組區(qū)域，這兩種TFs可能有助于Bcd的結(jié)合。

　　至此，一個(gè)TFs與之結(jié)合、控制基因表達(dá)、決定細(xì)胞命運(yùn)的精確DNA序列終于水落石出。